1908
Ο Γεώργιος Χατζιδάκις, ιδρυτής της Γλωσσολογικής επιστήμης στην Ελλάδα, πείθει την Ελληνική Κυβέρνηση να συστήσει διά Βασιλικού Διατάγματος ειδική Επιτροπεία, της οποίας το έργο θα ήταν να συντάξει και να εκδόσει το Λεξικό ‘ολοκλήρου της Ελληνικής γλώσσης από της πρώτης εμφανίσεώς της μέχρι σήμερον’. Πρώτος Υπουργός, που ενστερνίζεται την ιδέα αυτή και υποβάλλει το σχετικό διάταγμα στο βασιλιά προς ψήφιση, είναι ο Σ. Ε. Στάης (Εφημερίς Κυβερνήσεως 8 Νοεμβρίου 1908, τεύχος Ι, φύλλο 280).
Σκοπός της ίδρυσης του Λεξικού είναι, όπως αναφέρει στον πρώτο τόμο ο τότε Διευθυντής του Κέντρου Άνθιμος Α. Παπαδόπουλος, να αποκτήσει το έθνος το λεξικό του, καθότι "τα από του Κοραή και εντεύθεν, είτε γενικά είτε ιδιωματικά λεξικά, πλην του ότι ολίγα μόνον ικανοποιούν τας απαιτήσεις της γλωσσικής επιστήμης, δεν παρέχουν, όπερ και το σπουδαιότερον, συνοπτικώς γενικήν εικόναν της καθόλου νέας Ελληνικής και της κοινής και των ιδιωμάτων". Tο Λεξικό ονομάζεται 'Ιστορικόν', επειδή θα περιέχει την ιστορία των λέξεων με τις φωνητικές αλλοιώσεις, όπως επίσης και με τις συντακτικές και σημασιολογικές μεταβολές που εμφανίζει η φυσική εξέλιξη της ελληνικής γλώσσας, επί εικοσιοκτώ αιώνες ζωντανής και λαλούμενης.
Η αρχική ονομασία του Κέντρου είναι 'Ιστορικόν Λεξικόν της Ελληνικής Γλώσσης', όπως το είχε συλλάβει ο Γ. Ν. Χατζιδάκις, δηλαδή όχι περιορισμένο στη νέα Ελληνική κοινή και τα ιδιώματα, αλλά ενιαίο, ως μέγα θησαυρό της αρχαίας, μεσαιωνικής και νέας. Το Κέντρο υπάγεται στο Υπουργείο Παιδείας. Στόχος της πρώτης Επιτροπείας είναι να αρχίσει το τύπωμα του έργου τουλάχιστον το 1921, όταν θα συμπληρώνονταν εκατό χρόνια από την Eλληνική Eπανάσταση. Το πρώτο προεδρείο της Επιτροπείας αποτελείται από τους Κωνσταντίνο Κόντο, Γεώργιο Χατζιδάκι και Σίμο Mενάρδο. Μετά το θάνατο του Κόντου τη θέση του προέδρου καταλαμβάνει ο Στέφανος Δραγούμης, τον οποίο διαδέχεται το 1912 ο Γ. Ν. Χατζιδάκις.
1914
Το έργο λαμβάνει λαμπρή ώθηση με νέες οικονομικές και νομικές ρυθμίσεις της κυβέρνησης Ελευθερίου Βενιζέλου. Ο τότε πρωθυπουργός αποφασίζει να στηρίξει χρηματικά και ηθικά το έργο και στις 30 Μαρτίου 1914 ψηφίζεται από την Ελληνική Βουλή ο νόμος 220 Περί Συντάξεως του Λεξικού, ο οποίος δημοσιεύεται στις 10 Απριλίου 1914. Με το νόμο αυτόν εξασφαλίζεται η οικονομική στήριξη του έργου.
1921-22
Ο αρχικός προγραμματισμός να αρχίσει το εκδοτικό μέρος του έργου το 1921 δεν πραγματοποιείται τόσο για εσωτερικούς όσο και για εξωτερικούς λόγους. Η επόμενη χρονιά, το 1922, σημαδεύει ανεξίτηλα τη νεώτερη ελληνική ιστορία, καθυστερώντας, έτσι, την έναρξη της έκδοσης του Λεξικού.
1926-29
Με το Προεδρικό Διάταγμα της 14/3/1927 και εκτελώντας τη συντακτική απόφαση της Εθνοσυνέλευσης της 18/3/1926 το Κέντρο υπάγεται στη δικαιοδοσία της Ακαδημίας Αθηνών, όπου ανήκει μέχρι σήμερα.
Από τότε η Διοίκηση του Κέντρου ασκείται από την Εφορευτική Επιτροπή, την οποία αποτελούν Ακαδημαϊκοί. Στην πρώτη Εφορευτική συμμετέχουν οι Γεώργιος Ν. Χατζιδάκις, Δημήτριος Καμπούρογλου, Σωκράτης Κουγέας, Κωνσταντίνος Δυοβουνιώτης και Αντώνιος Κεραμόπουλος. Ο νόμος 4398/1929 "Περί Οργανισμού της Ακαδημίας Αθηνών" καθορίζει στο εξής τη λειτουργία του Κέντρου.
1966
Με το Ν.Δ. 4545/1966 στο ‘Κέντρον Συντάξεως του Ιστορικού Λεξικού της Νέας Ελληνικής Γλώσσης’ προσαρτάται το ‘Αρχείον Τοπωνυμίων και Κυρίων Ονομάτων’.
1990
Με το νόμο Περί Έρευνας (1894/1990) το ΙΛΝΕ αναγνωρίζεται ως Ερευνητικό Κέντρο και οι Συντάκτες του, δηλαδή το επιστημονικό προσωπικό του ΙΛΝΕ, εντάσσεται με κρίσεις σε βαθμίδες Ερευνητών.
2003
H Ακαδημία Αθηνών, αντιλαμβανόμενη την μεταβολή των πρωταρχικών στόχων του Κέντρου, από τη σύνταξη του Λεξικού στη γλωσσική έρευνα, αποφασίζει τη μετονομασία του σε "Κέντρον Ερεύνης των Νεοελληνικών Διαλέκτων και Ιδιωμάτων- Ι.Λ.Ν.Ε"