Στο ΚΕΜΝΕ απόκεινται από δωρεές προς την Ακαδημία συλλογές πρωτότυπου αρχειακού υλικού και χειρόγραφοι κώδικες:
- Κτηματολόγιο (Catastico Particolare) της περιοχής Ναυπλίου κατά τη δεύτερη Βενετοκρατία στην Πελοπόννησο
- Έγγραφα της Κρητικής οικογένειας Χορτάτση της Σμύρνης (17ος-19ος αι.)
- Δύο χειρόγραφοι κώδικες του 18ου αι. (Ευσταθίου Πονδίου Άπαντα, Βοσπορομαχία)
- Επιστολαί διαφόρων του Ιωάννη Οικονόμου Λαρισσαίου
- Χειρόγραφα του Ιωάννη Βηλαρά
- Αρχείο Οικονόμων (Κωνσταντίνου, Σοφοκλή και Στεφάνου)
- Κατάλοιπα του Γρηγορίου Γ. Παππαδοπούλου (1817-1873)
- Κατάλοιπα του Ξενοφώντος Σιδερίδη (1851-1929)
- Κατάλοιπα του Κωνσταντίνου Αμάντου (1874-1960)
- Κατάλοιπα του Μιλτιάδη Ισαάκ Νομίδη (ΜΙΣΝ) (1884-1959)
- Συλλογή θρακικού υλικού του Αναστασίου Κ. Π. Σταμούλη
- Κατάλοιπα του Γεωργίου Λαΐου (1907-1978)