Στο Κέντρο εκτελούνται ερευνητικά προγράμματα που αφορούν στη μελέτη της βυζαντινής και μεταβυζαντινής τέχνης, τα οποία έχουν ως στόχο τη σύσταση εμπεριστατωμένων αρχείων και τραπεζών δεδομένων και τελικά τη δημοσίευσή τους σε αυτοτελείς εκδόσεις από το Κέντρο.
-
Το κυρίως ερευνητικό πρόγραμμα του Κέντρου αφορά στην κατάρτιση του Ευρετηρίου Βυζαντινών Τοιχογραφιών Ελλάδος, πρόγραμμα το οποίο ενισχύεται οικονομικά από την Επιτροπή Ερευνών και το κληροδότημα Γ. Θ. Φωτεινού. Το πρόγραμμα αυτό έχει δύο άξονες.
Ο πρώτος αφορά στην κατάρτιση ενός Ευρετηρίου Βυζαντινών Τοιχογραφιών της Ελλάδος σε συνοπτική μορφή με βάση το δημοσιευμένο υλικό. Ήδη έχει καταρτισθεί ένα αρχείο σε χειρόγραφα δελτία που αφορούν σε 2500 μνημεία, το οποίο ενημερώνεται συνεχώς. Επόμενη φάση του προγράμματος είναι η ηλεκτρονική μηχανοργάνωση του υλικού και η δημοσίευσή του.
Ο δεύτερος άξονας αφορά στην κατάρτιση Ειδικών Ευρετηρίων Βυζαντινών Τοιχογραφιών της Ελλάδος, ανά περιοχές. Η μορφή αυτών των Ευρετηρίων είναι αναλυτική και βασίζεται σε επιτόπια έρευνα, καταγραφή, ακριβή και μεθοδική τεκμηρίωση που απαρτίζεται από αρχιτεκτονικά και ζωγραφικά σχέδια, καθώς και επαγγελματική φωτογράφηση. Στόχος είναι η σύσταση επί μέρους Αρχείων με τον πλήρη φάκελο για κάθε μνημείο και τελικά η δημοσίευση ανά γεωγραφικά σύνολα. Ήδη έχει καταρτισθεί το Αρχείο των βυζαντινών τοιχογραφημένων ναών των Κυθήρων, με τα αντίστοιχα αρχεία αρχιτεκτονικών σχεδίων, σχεδιαστικών αποτυπώσεων τοιχογραφιών και επαγγελματικής φωτογραφικής τεκμηρίωσης. Μεγάλο μέρος αυτού του Αρχείου δημοσιεύθηκε στη σειρά "Ευρετήριο Βυζαντινών Τοιχογραφιών Ελλάδας" (βλ. Δημοσιεύματα υπ' αριθ. Α.1-2). Τώρα ετοιμάζεται το Αρχείο των βυζαντινών τοιχογραφημένων ναών της Δωδεκανήσου, των Ιονίων νήσων και των επαρχιών Αποκορώνου και Κυδωνίας της Κρήτης. Το Ευρετήριο Βυζαντινών Τοιχογραφιών της Ανατολικής Μακεδονίας και της Δυτικής Θράκης πρόκειται να κυκλοφορήσει εντός του 2014.
-
Το δεύτερο ερευνητικό πρόγραμμα αφορά στην κατάρτιση της ελληνικής βιβλιογραφικής δραστηριότητας με θέμα τη βυζαντινή και μεταβυζαντινή αρχαιολογία και τέχνη. Το σχετικό υλικό καταχωρείται σε ηλεκτρονικό πρόγραμμα και αφού επεξεργασθεί δημοσιεύεται, συμπληρωμένο με αναλυτικά ευρετήρια, ανά πενταετία με την ευκαιρία του Διεθνούς Βυζαντινολογικού Συνεδρίου, στη διάρκεια του οποίου διανέμεται ένας αριθμός αντιτύπων (βλ. Δημοσιεύματα υπ' αριθ. Β. 1-4). Ήδη το σχετικό Αρχείο περιλαμβάνει σε ηλεκτρονική μορφή δημοσιεύματα από το 1975 έως και το 2010. Στόχος είναι το υλικό αυτό να είναι προσπελάσιμο και μέσα από το Διαδίκτυο.
-
Το τρίτο ερευνητικό πρόγραμμα του Κέντρου αφορά στην κατάρτιση ενός καταλόγου αγιωνυμίων και επιγραφών ειληταρίων σε έργα βυζαντινής και μεταβυζαντινής τέχνης. Το σχετικό υλικό συγκεντρώνεται με αποδελτιώσεις των αγιωνυμίων και των ενεπίγραφων ειληταρίων που κρατούν οι άγιοι σε έργα ζωγραφικής, γλυπτικής, μικροτεχνίας κλπ. Στόχος είναι να συνταχθεί ένας συνδυαστικός κατάλογος με τους επιθετικούς προσδιορισμούς των ονομάτων των αγίων, τα κείμενα που τους συνοδεύουν, την προέλευση και τις παραλλαγές αυτών των κειμένων.
-
Το τέταρτο ερευνητικό πρόγραμμα του Κέντρου αφορά στην κατάρτιση ενός καταλόγου των βυζαντινών και μεταβυζαντινών μνημείων, εκκλησιαστικών και μη, της Ελλάδας που αναφέρονται στα κείμενα των περιηγητών.
-
Το πέμπτο ερευνητικό πρόγραμμα του Κέντρου αφορά στη μελέτη των ανευρισκομένων τοιχογραφιών κατά τις ανασκαφές που διεξάγει το Ινστιτούτο Αρχαιολογίας των Τιράνων υπό την αιγίδα της Αλβανικής Ακαδημίας Επιστημών στη Νότια Αλβανία (Βασιλική Αγίων Σαράντα, Άγιος Νικόλαος Μεσοποτάμου, Επισκοπή Νιβίτσας), στο πλαίσιο του ερευνητικού του προγράμματος "Μνημεία της χριστιανικής λατρείας στην Αλβανία". Παράλληλα ετοιμάζεται κατάλογος των τοιχογραφημένων εκκλησιαστικών μνημείων της Αλβανίας μέχρι το 1500.
-
Το έκτο ερευνητικό πρόγραμμα του Κέντρου αφορά στη σύνταξη και δημοσίευση του καταλόγου σφραγίδων αξιωματούχων του βυζαντινού θέματος Ελλάδος.
Μία άλλη δραστηριότητα του Κέντρου αποτελεί η οργάνωση ετήσιας ομιλίας στη μνήμη του ιδρυτή του Μανόλη Χατζηδάκη. Για το σκοπό αυτό καλείται διακεκριμένος επιστήμονας την τελευταία εβδομάδα του Φεβρουαρίου για να δώσει μία διάλεξη με αντικείμενο συναφές προς το ερευνητικό έργο του Κέντρου. Στη συνέχεια, η διάλεξη δημοσιεύεται αυτοτελώς στη σειρά "Μνήμη Μανόλη Χατζηδάκη" (βλ. Δημοσιεύματα υπ' αριθ. Γ. 1-6).